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Il étudia à l'Université de Coimbra de 1860 à 1865 et devint avocat.
Membre du Parti républicain portugais. Il à également été élu député du parti républicain de l'île de Madère en 1882 poste qu'il occupa jusqu'en 1892.
Il réalisa d'étonnants discours qui ont grandement profité au parti républicain.
Contrairement à certains membres de son parti, il à toujours essayé d'entretenir de bonne relations avec l'Église catholique.
Quand il fut élu président en 1911, il tenta en de réunifier le parti républicain, qui s'était divisé en plusieurs factions, sans succès, notamment parce que son mandant était menacé par la révolte monarchique du capitaine Paiva Couceiro.
Il fut remplacé comme président par le Professeur Teófilo Braga en 1915. Il décéda à Lisbonne deux ans plus tard. Manuel de Arriaga fut président durant la participation portugaise à la Première Guerre Mondiale.
Il fut incapable de gérer à la fois la réunification de son parti, la guerre et les problèmes économiques du pays.
Le parlement fut fermé et Manuel de Arriaga fut accusé de corruption. Il épousa Lucrécia Augusta de Brito de Berredo Furtado de Melo (Porto, Foz do Douro, 13 novembre, 1844 - Oeiras, Parede, 14 octobre 1927) et eu deux fils et quatre filles