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Alphonse a succédé à son père en 1211. La même année, la victoire à Las Navas de Tolosa du roi de Castille sur les Almohades venus d'Afrique, rendit plus aisée l'expansion portugaise au Sud.
Toutefois,son règne est caractérisé par un nouveau style d'administration opposé aux tendances bellicistes de ses prédécesseurs. Alphonse II n'a pas contesté les frontières avec le León et la Castille, et n'a pas cherché à s'étendre vers le Sud.
Il a préféré consolider la structure économique et sociale du pays. Il est l'auteur d'un premier ensemble de lois portugaises qui traitent principalement de la propriété privée, du droit civil et de la fabrication de la monnaie. Il envoya des ambassades vers divers pays européens afin de signer des traités de commerce.
Les premières années de son règne ont été marquées par de violents conflits internes entre Alphonse II et ses frères et sœurs qui n'ont été résolus que par la confiscation des biens et l'exil en Castille de la plus grande partie d'entre eux. Le roi de León avait pris parti contre les insurgés.
D'autres réformes d'Alphonse II ont trait aux rapports de la couronne portugaise avec le Pape. Pour obtenir la reconnaissance de l'indépendance du Portugal, Alphonse Ier Henriques, son aïeul, avait été obligé d'accorder des privilèges à l'Église.
Au cours du temps, ces privilèges devinrent un poids pour le Portugal qui voyait l'Église se développer comme un état dans l'état. L'existence du Portugal étant bien consolidée, Alphonse II tenta de miner le pouvoir clérical et d'utiliser une partie des revenus de l'Église au profit de la nation.
Ce fut le début d'un conflit diplomatique entre la Papauté et le Portugal. Après avoir été excommunié par le pape Honorius III, Alphonse promit de corriger ses erreurs envers l'Église, mais mourut en 1233 sans avoir fait de sérieux effort pour modifier sa politique.
La cité de Alcacer do Sal fut conquise sur les Maures durant son règne par initiative d'un groupe de nobles.