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Alphonse Henriques fut né et élevé à Guimarães où il vécut jusqu'en 1128. Il s'opposa politiquement, en 1128, sous la direction de l'archevêque de Braga, à sa mère qui appuyait le parti des Travas, une famille de la noblesse de Galice dont un des membres était l'amant de Thérèse de León.
L'archevêque, forcé d'émigrer emmena l'infant avec lui, infant qui fut armé chevalier en 1122. Après la paix, il revint au comté de Portugal.
Entre-temps, de nouveaux incidents provoquèrent l'invasion du comté par le roi Alphonse VII de Castille qui, en 1127, encercla Guimarães où se trouvait Alphonse Henriques, afin de faire valoir ses droits sur le comté de Portugal, vassal du royaume de Castille.
Alphonse VII bénéficiait de l'appui de sa demi-sœur illégitime à qui il contestait le droit de transmettre les titres du comté, qui devait rester dans les familles royales de Leòn et de Castille.
Comme Alphonse Henriques lui avait promis fidélité, Alphonse VII renonça à conquérir la cité. Mais quelques mois plus tard, en 1128, les troupes menées par la comtesse régente Thérèse de León rencontrèrent celles de son fils Alphonse, et c'est ce dernier qui l'emporta et ainsi consacra son autorité sur le territoire portugais en prenant le gouvernement du comté. Le comte concentra alors ses efforts pour obtenir du Saint-Siège l'autonomie totale de l'Église de Portugal et la reconnaissance de l'indépendance envers le roi de Castille.
En 1139, après une victoire éclatante lors de la bataille d'Ourique contre les Maures, Alphonse Henriques fut acclamé premier roi de Portugal par ses troupes. les premiers documents où Alphonse s'intitule roi datent, précisément, de 1139-1140. Avant son titre était princeps (prince). L'année suivante il réaffirma ses prétentions sur la partie méridionale de la Galice.
Ce qui fit réagir Alphonse VII de Castille. Les deux armées se rencontrèrent à Arcos de Valdevez. Le sort des armes fut décidé en un tournoi gagné par les chevaliers portugais.
Selon la tradition, l'indépendance fut confirmée plus tard, aux Cortès de Lamego quand le roi reçut des mains de l'archevêque de Braga la couronne d'or et de pierreries de Portugal comme successeur des rois wisigoths (bien que de récentes études mettent en doute la réunion de ces Cortès). La reconnaissance de l'indépendance par la famille de Castille vint en 1143.
Elle serait due à l'ambition d'Alphonse VII de devenir empereur sur toute la péninsule ibérique, et pour cela il avait besoin de rois comme vassaux en Leòn et Portugal). Dès lors, Alphonse Ier de Portugal chercha à consolider l'indépendance.
Il fit d'importants dons à l'Église et fonda divers couvents. Il tenta de conquérir du terrain au Sud sur les Maures et prit Santarém et Lisbonne en 1147.
Dans les régions dépeuplées reconquises sur les Arabes, il installa des colons et invita les ordres religieux militaires comme les Templiers et les Hospitaliers à s'installer le long des frontières comme défenseurs contre les Maures. En 1179, le Pape Alexandre III, par sa bulle Manifestus probatum, reconnut le Portugal comme pays indépendant et vassal de l'Église à condition de lui payer un tribut.