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Régent (1799-1816) puis roi du Portugal (1816-1826), sous le règne duquel le Brésil a accédé à l’indépendance (1822). Né à Lisbonne, Jean est le deuxième fils de Marie Ire de Portugal et du prince consort Pierre III.
En 1788, année au cours de laquelle il est fait prince du Brésil, il hérite de la couronne portugaise après le décès de son frère aîné José. En 1785, Jean épouse Carlota Joaquina, la fille du roi Charles IV d’Espagne. Après que la reine Marie a perdu la raison en 1792, il devient régent du royaume, d’abord de facto, puis de plein droit en 1799.
En pleine guerre continentale, le régent Jean mène une politique qui ondoie entre soutien aux coalitions européennes contre Napoléon Ier et compromis franco-portugais, la France étant l’alliée de l’Espagne depuis 1801. Accusé de ne pas respecter le Blocus continental, le Portugal subit l’invasion des troupes napoléoniennes en 1807.
La famille royale de Bragance trouve refuge dans la colonie portugaise du Brésil. Après Bahia, Jean installe la cour à Rio de Janeiro, qui se transforme en capitale prestigieuse du royaume portugais et se pare de palais de style métropolitain.
Sous l’autorité du régent, des réformes sont mises en œuvre, notamment la suppression des restrictions commerciales (libération du commerce maritime), l’instauration de mesures en faveur de l’agriculture et de l’industrie, et la création d’établissements d’enseignement supérieur.
Puis, contre toute attente, les Bragance restent au Brésil — élevé à la dignité de royaume en 1815 — après la défaite de Napoléon (1815) et Jean confie l’administration du Portugal au duc de Beresford. En mars 1816, la reine Marie Ire décède et Jean accède au trône du Portugal sous le nom de Jean VI. L’année suivante, une révolte démocratique à Pernambouc est difficilement réprimée, et les affrontements entre absolutistes et libéraux menacent de plonger le Brésil dans la guerre civile.
Parallèlement, en août 1820, un soulèvement militaire à Porto renverse le régime portugais et les Cortes, réunis peu après, réclament le retour du roi et une constitution libérale bâtie sur l’exemple de celle de Cadix.
En 1821, Jean VI le Clément rentre à Lisbonne en roi constitutionnel et laisse son fils aîné Pedro (le futur Pierre Ier, empereur du Brésil) exercer la régence à Rio. Celui-ci hâte le processus de l’indépendance, déclarée le 7 septembre 1822. Au Portugal, les dernières années du règne de Jean VI sont troublées par les mouvements de 1823-1824 conduits par son plus jeune fils, Miguel, qui visent à rétablir la monarchie absolue.
Du reste, le règne de Jean VI voit la naissance des premiers libéralismes portugais et brésilien, et la séparation pacifique du Brésil et du Portugal. La translation de la capitale du royaume à Rio et l’arrivée du roi en Amérique du Sud préservent la colonie de la guerre civile et de la fragmentation que connaissent les territoires hispano-américains à la même époque.
Quant à l’opposition entre libéraux et absolutistes, elle engage le Portugal dans une série de conflits civils jusqu’au milieu du XIXe siècle. Jean VI le Clément meurt à Lisbonne en mars 1826; son fils Pierre Ier du Brésil monte sur le trône portugais sous le nom de Pierre IV.