Ècoutez une selection de rà dios Francaises. À la mort de Jean III, le pays se retrouve de nouveau face aux sempiternels problèmes de succession motivés par l'ambition de monarques espagnols et portugais de réunir les deux pays. Jean III avait épousé la sœur de Charles Quint qui lui-même avait épousé la sœur de Jean III.
La fille de Jean III a épousé le futur roi d'Espagne Philippe II. Le seul héritier mâle et unique rempart à l'union ibérique est l'infant Sébastien, petit-fils de Jean III, trop jeune pour monter sur le trône. Catherine, la veuve de Jean III, assure la régence de 1557 à 1562. Jugée trop proche de la Castille, elle est remplacée par Henri d'Évora, dernier fils vivant de Manuel Ier.
Pour la première fois un ecclésiastique est au pouvoir au Portugal. Sébastien Ier Sa règence renforce le pouvoir de l'Inquisition et de l'Église. Il confie l'éducation de Sébastien au jésuite Luis Gonçalves de Camara, un homme peu tolérant, passéiste et fanatique.
Le futur roi est élevé dans le culte de l'esprit chevaleresque et des croisades contre l'Islam. Il est entouré par une ferveur populaire qui lui vaut le surnom de O desejado (Le Désiré) tant sa naissance était désirée par le peuple pour empêcher l'union des deux couronnes et surmonter la crise que connaît le pays.
Il rêve d'action et de combattre la corruption des mœurs des Portugais séduits par une vie facile. Il est porteur de la volonté de régénération et de croisade qui anime le pays. Il est très habile dans les exercices physiques et passionné par la chasse et la guerre.
En 1568, il a 14 ans quand il monte sur le trône sous le nom de Sébastien Ier de Portugal avec l'idée, soutenue par les Cortes, de reconquérir les terres du Maroc. Il faut y voir aussi une réponse à la crise commerciale avec les Indes. Le pays s'est appauvri par ses efforts pour conserver ses possessions de plus en plus disputées.
En 1569, il promulgue une loi lui permettant de recruter tous les hommes valides pour son armée. Il confie même aux concelhos (municipalités) l'organisation militaire de leur territoire, privilège jusque là reservés aux nobles.
En 1574, une première expédition de reconnaissances est organisée en Afrique. Alors que les caisses du royaume sont vides, il organise une expédition de grande envergure.
L'appel à l'aide d'un chef marocain opposé aux Turcs offre un prétexte pour s'embarquer. Les pressions de son entourage pour l'en empêcher n'y font rien.
La fine fleur de l'aristocratie portugaise, 16 000 hommes inorganisés et inexpérimentés, part sans laisser de successeurs au pays. Le 4 août 1578, a lieu la bataille d'Alcácer-Quibir (dite aussi bataille des Trois Rois) qui tourne au carnage avec des milliers de morts et de nombreux prisonniers. Une centaine de rescapés rentrent à Lisbonne.
Le roi est mort mais son corps n'est pas retrouvé. C'est un désastre militaire, économique et politique : la défaite marque la fin de la dynastie d'Aviz et d'une époque glorieuse, chantée dans Les Lusiades par le poète LuÃs de Camões, disparu également à cette époque. Quatre siècles d'une indépendance chèrement acquise sont remis en cause. Cet épisode marque aussi la fin des croisades.